一个网站的结构包括两层意思，一方面是指网站真实的目录及文件所在的位置所决定的物理结构，另一方面指的是网页链接结构，或称为逻辑结构，也就是由网站内部链接形成的链接网络图。
从网站的物理结构来讲，比较合理的结构根据网站规模的大小区分处理。对于中小型企业网站建议采用扁平式结构，也就是所有的网页文件都存在网站根目录下，图片文件、JS和CSS样式等可以分别建立文件夹存放，这种处理方式的主要出发点在于根目录下的文件比深层目录中的文件天生权重高一点，尤其是对中文网站。对于规模稍微大一点的网站这样处理可能就会出现太多的文件在根目录下，制作和网站维护起来都比较麻烦，容易搞乱。这时候我们建议采用树形结构（或称为金字塔形结构），根目录之下以目录形式分成多个文件夹，然后每一个文件夹下再放上属于这个分类的具体网页文件，这种处理方式的优势在于便于网站维护，树形结构逻辑清晰，页面之间的隶属关系一目了然。
网站中网页文件的链接结构我们有如下建议：
1、首页能够通过锚文字链接向所有的一级导航首页。
2、首页一般不直接链接向产品详细页面，当然对于特别推荐产品可以通过首页锚文字直接链接向产品详细页面，也能提高重点产品的权重传递。
3、所有分类首页连向其他分类首页，一般以网站导航形式体现。分类首页都可以链接回网站首页。
4、分类首页需要链接向本分类下的产品页，分类首页一般不链接向其它分类的详细页，有需要推荐或者聚合页面例外。
5、网站详细页都链接向网站首页，一般以网站导航形式体现。网站详细页需要链接向所有分类首页，一般以网站导航的形式体现。
6、网站详细页可以链接向同一个分类的其他详细页。详细页一般不链接向其他分类的产品页。在某些情况下，详细页可以用适当的关键词链接向其他分类的详细页。
总体而言对搜索引擎和网民浏览的体验性来说更重要的是链接结构，而不是物理结构。